Originou-se com a vinda dos bandeirantes em busca de ouro nesta região. Eles foram os primeiros habitantes de Inconfidentes. Instalaram-se às margens do Rio Mogi Guaçu, que então pertencia ao Município de Ouro Fino. Como a atividade mineradora não surtiu o efeito esperado, o povoado de Mogi Acima, primeiro nome do lugar, passou a dedicar-se a agricultura.
Foi então que o ourofinense Júlio Bueno Brandão, que no exercício da Presidência do Estado de Minas Gerais, de outubro de 1908 a abril de 1909, tomou todas as providências para a aquisição pelo Governo Estadual de terreno necessário à criação de uma Colônia Agrícola de Estrangeiros, no sul de Minas Gerais. Logo em seguida, foi doado ao Governo Federal, que através do Ministério da Agricultura, iniciou a instalação da colônia em 22 de maio de 1910, sob a direção do engenheiro Dr. Carlos Pereira da Silva.
Essas terras, num total de 810 hectares, pertenciam a Joaquim Policarpo Alves da Cunha, Antônio Vieira Teles, José Luiz de Souza, Lourenço Otaviano da Costa, Francisco da Costa, João Oliveira Simões, Antônio da Silva Rodrigues e outros. O Ministério da Agricultura, através do Serviço do Povoamento, dividiu essas terras em 205 lotes, que foram distribuídos pelos colonos, que eram: italianos, espanhóis, portugueses, russos, estonianos, franceses, suíços e outras nacionalidades.
A Colônia Agrícola tomou o nome de Núcleo Colonial Inconfidentes, por determinação do Ministro da Agricultura, Rodolfo Nogueira da Rocha Miranda, numa homenagem a Minas Gerais, em uma alusão aos heróis da Inconfidência Mineira, como Tiradentes e Alvarenga Peixoto. Este último foi proprietário de uma fazenda no Município de Ouro Fino, na época em que o território pertencia a Campanha.
O Núcleo Colonial Inconfidentes era dirigido pelo Dr. Antônio de Arantes Bueno e por Teófilo Tavares Paes. A partir de 1918, passou a ser dirigido por um zelador, cargo que foi ocupado sucessivamente por Teófilo Tavares Paes, José Toledo e José Junqueira Júnior.
A função agrícola do núcleo foi reforçada com a transferência, em 1920, do Patronato Agrícola Visconde de Mauá, do Rio de Janeiro para Inconfidentes, estabelecimento que através dos tempos se transformou em: Aprendizado, Escola de Iniciação Agrícola, Escola Agrícola, Ginásio Agrícola, e atualmente Instituto Federal Sul de Minas – Campus Inconfidentes. Durante a época do Núcleo Colonial de Inconfidentes, em 1912, foi iniciada a construção da capela, pelo Dr. Antônio de Arantes Bueno, Diretor do Núcleo. Foi provisionado em 9 de janeiro de 1913, sendo seu primeiro encarregado o Revmo. Cônego Heriberto Goellersdofer, sacerdote natural da Áustria.
Em 12 de dezembro de 1953, através da Lei Estadual n. º 1039/53, o Núcleo Colonial foi elevado a Distrito de Paz. Sua situação econômica favorável propiciou a criação do Município, em 30 de dezembro de 1962, através da Lei n. º 2764 e pelo mesmo ato, o Distrito de Inconfidentes adquiriu foros de cidade. Sua instalação aconteceu no dia 1º de março de 1963. Antes da realização da primeira eleição municipal, o município de Inconfidentes foi administrado pelo Senhor Remo Morganti, como intendente municipal. O primeiro Prefeito do Município foi o farmacêutico Sr. Rogério Bernardes de Souza, em seguida o Senhor Mário Bonamichi, este último era vice-prefeito ao lado do Prefeito Rogério Bernardes de Souza, e assumiu o cargo em virtude da renuncia do Sr. Rogério.